František Krejčí se rozhodl rezignovat, aby jeho osoba nebránila postupu dalších jednání o nové koncepci NP Šumava, o které je přesvědčen, že jde správným směrem, a dohodě o budoucím uspořádání NP Šumava. To alespoň uvádí tisková zpráva, kterou poskytlo ministerstvo životního prostředí.
Podle Krejčího je ale zásadní rozhodnutí rezignovat na funkci ředitele otázkou delší doby. „Snižuje se dlouhodobě podpora ze strany ministra životního prostředí. Práce v oblasti ochrany životního prostředí mne baví. Ale abych ji mohl dělat a prosadit záměry, k tomu potřebuji mít přímou a plnou podporu ministra. Pokud není, špatně se prosazují naše návrhy. Snažím se věci řešit přímo a v týmu, kde nemám podporu, nemohu pracovat,“ zdůvodnil František Krejčí. V tuto chvíli se rozjelo předávání funkce, kterou bude dočasně na základě prozatímního pověření ministerstvem zastávat vedoucí ekonomické sekce a náměstkyně ředitele Správy Zdeňka Šartnerová. „Předávání by mělo trvat zhruba čtrnáct dnů, výpovědní lhůtu mám do konce ledna příštího roku. Na úseku ochrany přírody bych rád pracoval dál. Kde to bude, zatím nevím, ale určitě už ne v rámci Správy,“ tvrdí František Krejčí.
Ve funkci vystřídal na jaře roku 2007 po řádění orkánu Kyrill 30. března Aloise Pavlíčka, když byl jmenován tehdejším ministrem životního prostředí Martinem Bursíkem. Rezignaci přijal Pavel Drobil až jako čtvrtý ministr v pořadí, který nastoupil do vedení resortu za dobu působení Krejčího ve funkci ředitele Správy.

O rezignaci Františka Krejčího se předseda vědecké sekce rady NP Jakub Hruška dozvěděl po návratu ze zahraničí. „Vnímám to jako výsledek neudržitelné situace s ohledem na dlouhodobé tlaky z různých stran na Šumavě. Podle mého názoru se zde neustále slibovalo na všechny strany, až to přerostlo neúnosnou hranici a vyústilo jako jediné možné řešení v rezignaci ředitele,“ domnívá se předseda vědecké sekce. Podle Jakuba Hrušky v tuto chvíli už musí nastoupit s pevným názorem a jasným zadáním samo ministerstvo životního prostředí. „Jak jsme to vnímali, to nebylo schopno své názory a záměry Správy často zkomunikovat ani s obcemi, ani se zaměstnanci správy parku. Park pak podléhal tlakům jak politickým, tak od obcí a v některých případech nejednal a nepostupoval konzistentně,“ uvedl dále Hruška. Jako příklad uvedl diskutovanou zonaci a plán péče. „Na to jsme dlouhodobě upozorňovali. Jako ukázkový příklad lze uvést i diskuse o návštěvním řádu a splouvání Vltavy, kdy správa podlehla tlaku ze strany obcí a zájmových skupin a nejvyšší správní soud nám dal za pravdu,“ zdůraznil Hruška. Jako důsledek nejisté situace na Správě vnímá předseda vědecké sekce i fakt, že z webových stránek Správy opakovaně mizí a znovu se vrací seznam všech členů rady parku a zůstávají tam pouze zákonní zástupci krajů a obcí. „Poprvé seznam členů vědecké sekce zmizel po diskusích o splouvání, pak se tam znovu objevil a pak znovu zmizel. Nyní ho na stránkách opět nenajdete. Přitom rada je jmenována ze zákona ředitelem jako celek,“ připomněl Jakub Hruška. Podle něho, ať bude ředitelem Správy kdokoli, bude vědecká sekce vždy podporovat jasnou zonaci a plán péče. „Nejasnosti kolem managementů nabízely prostor pro různé tlaky a lobbistické skupiny. Národní park Šumava je přitom jediným parkem v České republice, kde je možné dát na relativně velké ploše prostor samovolnému přirozenému vývoji,“ dodal Hruška.

Nový ředitel Správy by měl být na základě výsledku výběrového řízení jmenován k prvnímu lednu příštího roku. „Pokud bude ministerstvo životního prostředí jasně deklarovat své záměry a podporu, je v podstatě jedno, kdo to bude, pokud bude rozumět ochraně přírody a provozu národního parku. Bývalý ředitel Žlábek nebyl přímo z regionu, Pavlíčko i Krejčí byli. Ředitel, který bude z regionu, by s ním mohl být až příliš spjatý, člověk odjinud by mohl mít určitý nadhled. Každopádně by to měl být někdo, kdo bude mít plnou podporu ministerstva a bude natolik silný, že dokáže odolat všemožným tlakům,“ zvažoval Jakub Hruška možný výběr nástupce Františka Krejčího.

Také předsedkyně regionální sekce rady parku starostka Borových Lad Jana Hrazánková vidí odchod ředitele Krejčího jako logické vyústění, byť se jedná čistě o věc mezi ním a ministrem životního prostředí. „O tom, že by měl František Krejčí jako ředitel Správy skončit, se v regionu hovořilo již delší dobu. V tuto chvíli mne a asi i všechny starosty šumavských obcí zajímá spíše to, kdo přijde po něm. Ředitel Krejčí hodně věcí nasliboval a hodně z nich neuskutečnil. Jako starostové jsme z toho hodně unavení a otrávení a řadu jednání, která se v minulosti uskutečnila, vidíme jako ztrátu času. To bylo hlavně to, na čem jsme se s ředitelem nedokázali shodnout,“ uvedla Jana Hrazánková s tím, že v regionu je teď třeba na řadě věcí začít dělat a ne o nich jen donekonečna mluvit. „Určitě by nový ředitel měl nastoupit do funkce co nejdříve. Myslím si, že Šumava to nejen potřebuje, ale také si to zaslouží,“ dodala borovoladská starostka. „Stále totiž chybí to základní, a to je jasná koncepce a především zonace a plán péče,“ doplnila.
Stejně jako předsedu vědecké sekce Jakuba Hrušku i Janu Hrazánkovou zaskočila informace o tom, že z webových stránek NP Šumava vypadl seznam členů obou sekcí. „Ředitelem Krejčím nám bylo slibováno, že by měla být jmenována rada v novém složení zákonných zástupců obcí. Nikde jinde se rada parku nedělí do dalších sekcí, ale vystupuje jako celek. Je vidět, že není třeba vyměnit jen ředitele, ale na Správě by se mělo vyměnit lidí víc,“ zlobí se Jana Hrazánková.

Výběrové řízení na místo ředitele Správy Národního parku a Chráněné krajinné oblasti Šumava bude v nejbližší době vyhlášeno tak, aby se nový ředitel mohl ujmout funkce nejpozději k 1. lednu příštího roku.

„Nejen já doufám, že skončila doba, kdy vedení Národního parku Šumava dlouhodobě bagatelizovalo kůrovcovou kalamitu. Doufám, že skončila doba, kdy veřejnost byla vedením NPŠ záměrně mylně informována o tom, že kůrovec je stabilizován, či že kalamitu zastaví zázračné vědecké objevy. A že skončila doba, kdy se o Šumavě rozhodovalo proti vůli obou krajů, proti vůli šumavských obcí a proti vůli veřejnosti,“ reagoval na rezignaci Františka Krejčího senátor Tomáš Jirsa.

Podle jeho názoru by nové, byť dočasné vedení NPŠ mělo zásadně přehodnotit koncepci „bezzásahových managementů“. „Ty se dosud navrhovaly od stolu ve Vimperku tak, aby se dogmaticky dosáhlo konkrétních procentických výměr, bez respektování skutečného stavu přírody. Nové vedení by se mělo oprostit od zeleného inženýrství, které říká, že divočině musíme ponechat 20%, 30%, 40% (poslední návrh ředitele Krejčího předložený ministru Drobilovi) nebo dokonce 70% (podle kategorie II. IUCN) Šumavy,“ domnívá se senátor Jirsa s tím, že nové vedení musí naopak vyhlásit totální válku kůrovci a ze zelené Šumavy zachránit, co se dá. „Do šumavského kalamitního štábu by nové vedení mělo přizvat členy expertní hejtmanské skupiny, která v loňském a letošním roce vytvořila pro hejtmany obou krajů pravdivé zprávy o tragickém stavu šumavských lesů. A také by do kalamitního štábu mělo přizvat zástupce vlastníků okolních lesů. Hlavně ale musí nové vedení pravdivě informovat veřejnost o tom, co se na Šumavě skutečně děje,“ uzavřel Tomáš Jirsa.