Chod oddělení zajišťují dva lékaři, primář Karel Krpoun a lékařka Eva Bžochová, dále pět laborantek, sanitářka a pomocný personál. Oddělení v Prachaticích vzniklo v roce 1989 zásluhou lékaře Jiřího Nožičky. V té době bylo součástí okresní hygienické stanice. V prosinci roku 1993 se stalo součástí prachatické nemocnice a přestěhovalo se do současných prostorů.

Hlavním úkolem oddělení je zjišťování přítomnosti původců infekčních onemocnění ve vzorcích biologického materiálu.
„Biologickým materiálem k vyšetření může být krev, moč, stolice, stěry z kůže, ale také výtěry z tělních dutin. Když se materiál do laboratoře dostane, je dále zpracováván různými způsoby, podle toho, co zjišťujeme,“ vysvětlovala lékařka Eva Bžochová s tím, že základem bakteriologického vyšetření je mikroskopie, při níž je obarvený preparát sledován pod mikroskopem a kultivace, kdy se mikroorganismy množí na speciální živné půdě v Petriho miskách a při teplotě 37 stupňů Celsia. Druh vypěstovaného mikroba se pak určí dle typického vzhledu vyrostlé kolonie, růstových a biochemických vlastností. Nedílnou součástí vyšetření je pak stanovení citlivosti mikrobů na antibiotika.

„Je to důležité pro včasnou, cílenou a efektivní léčbu infekčních onemocnění, jako jsou například spála, střevní či močové infekce. Aby bylo léčení pacientů co nejefektivnější, provádí naše oddělení také konzilia v oblasti antibiotické terapie pro klinické lékaře, při nichž jsou navrhovány diagnostické a léčebné postupy,“ pokračovala Eva Bžochová s tím, že v tomto směru spolupracuje oddělení s dalšími klinickými pracovišti nemocnice, jako je například interna, dětské oddělení či jednotka intenzivní péče a další.

Při vyšetření je nejdůležitější stanovení patogenu, tedy původce onemocnění. Např. často se vyšetřuje výtěr z krku při podezření na anginu, kterou nejčastěji způsobuje pyogenní streptokok. Pokud je ve vzorku zjištěn, provede se zkouška jeho citlivosti na různá antibiotika. Podle reakce kolonií na přítomnost antibiotik lékaři poznají, jaké antibiotikum je pro léčbu pacienta nejvhodnější. To bývá nazýváno jako lék první volby. V případě, že by byl pacient na dané antibiotikum alergický, nebo antibiotikum léčbě nepomáhalo, přichází na řadu další antibiotika. Antibiotikem první volby pro léčbu anginy je penicilin.

Někteří původci nemocí se ale pomocí kultivace prokazují obtížně, nebo je nelze kultivovat vůbec. Je proto využíván další způsob vyšetření, vyšetření sérologické. „V takovém případě je biologickým materiálem nejčastěji krevní sérum, v němž se zjišťuje přítomnost protilátek proti bakteriím nebo virům. Pomocí této metody se vyšetřují například původci borreliózy, infekční mononukleózy, chlamydiových infekcí, ale třeba také syfilidy,“ upozorňovala lékařka Eva Bžochová a vysvětlovala dále, že ne všechny mikroorganismy v lidském těle působí negativně.

Přítomnost některých mikroorganismů v lidském těle je zcela normální, mnohdy i prospěšná. Tyto mikroorganismy jsou označovány jako normální či fyziologická flóra.

Oddělení také spolupracuje se zdravotníky všech oddělení a nemocničním epidemiologem v prevenci nemocničních (nozokomiálních) nákaz. „Nozokomiální nákazou by se mohl pacient nakazit v době svého pobytu v nemocnici. Výskyt těchto nákaz se sleduje, vykazuje a zdravotnický personál se mu snaží předcházet postupy, ve kterých jsou všichni zdravotníci nemocnice školeni. Základem je dezinfekce a mytí rukou,“ zdůraznila zástupkyně vedoucí laborantky a pracovnice, která se na problematiku nemocničních nákaz specializuje, Daniela Jilečková. Ta dále uvedla, že oddělení lékařské mikrobiologie podléhá přísnému systému kontroly EHK, který zajišťuje Státní zdravotní ústav v Praze a doplnila, že v současné době se oddělení připravuje k akreditaci laboratoře podle evropské normy EN ISO 15189.