Po několikaletém projednávání vyhlásilo Ministerstvo životního prostředí ČR přírodní rezervaci znovu, a to v rozšířené podobě. Je zařazena do kategorie národní přírodní rezervace, jde tedy o území s hodnotami, které lze v národním i evropském měřítku považovat za jedinečné.

Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero je ve správě Lesů ČR, s. p., Lesní správy Železná Ruda, státní správu ochrany přírody vykonává park. „Předmětem ochrany jsou přirozená lesní společenstva horských smrčin, kyselých bučin, ledovcových karů, sutí, balvanitých polí a stojatých vod ledovcových jezer, dále vzácné druhy rostlin a živočichů, zejména jedinečné vodní rostliny šídlatky jezerní, nebo oblasti s trvalým výskytem tetřeva hlušce, či sokola stěhovavého. Rozšíření rezervace bylo motivováno zajištěním ochrany ledovcových karů a jejich ekosystémů,“ řekl náměstek ředitele a vedoucí sekce Správy CHKO Šumava Pavel Hubený.

Rozloha Národní přírodní rezervace Černé a Čertovo jezero se zvýšila z původních 186 ha na 208 ha, z toho lesní půda pokrývá téměř 179 ha. Zbytek jsou vodní plochy obou ledovcových jezer. „Nově vyhlášená národní přírodní rezervace nabyla účinnosti 15.12. 2010,“ dodal.