Na druhém stupni si žáci vybírají z nabízených témat bez ohledu na třídu a v rámci výuky spolupracují i se spolužáky, se kterými by se jinak nesetkali.


V pátých ročnících se zaměřili na připomenutí Dne Země a na další díl projektu Tady jsme doma. Tentokrát bylo tématem Doprava lidí a věcí. Žáci navštívili místní železniční stanici, kde se dozvěděli vše o vypravování vlaků v minulosti a dnes. Poté žáci navštívili Domov seniorů Mistra Křišťana. Závěrem dne si žáci sdělili zjištěné informace a porovnali je.
Den Země byl pojat dle příprav z probíhajícího dlouhodobého projektu Recyklohraní, při kterém děti získávaly odpovědi na anketní otázky mezi žáky školy i dospělými a vybírali od nich vybité baterie. Následně pokračovaly aktivity venku, kdy děti na stanovištích pod dohledem žáků z 9. ročníků procvičovali své znalosti a dovednosti z oblasti třídění odpadů. Během dne nezapomněla celá škola také na každoroční úklid ve svém okolí.


V ostatních ročnících prvního stupně se žáci zaměřili na témata: Voda je vzácná, Společenstvo les, Hry na pastvě, Prachatické cechy, Dopravní výchova, Staré budovy ve městě a jiné. Při projektech učitelé využili možnosti spolupráce s CEV Dřípatka, s městskou knihovnou i s městským muzeem.


Nejmladší z druhého stupně, žáci 6. ročníků, zkoumali svůj smysl pro humor, vydali se po stopě raka říčního a ve školní kuchyňce si prakticky vyzkoušeli, že láska prochází žaludkem. Sedmáci se pustili do některých disciplín desetiboje, zjistili, že čísla a příroda mají ledacos společného a vyhledávali informace o státech Evropské unie. O rok starší žáci si vytvořili svůj časopis, podnikli cestu kolem světa a do vesmíru a vytvořili plakát k LOH 2012 v Londýně. „Mazáci" z 9. ročníků pak v ekologicky zaměřeném projektu poučili všechny o tom, že baterie do koše nepatří, dali dohromady některé nápady na svou závěrečnou akademii a zalétli se podívat do dob alžbětinské Anglie.


Projektové dny jsou pro děti velkým přínosem, protože nové věci propojují s vlastními dovednostmi a znalostmi, získanými při každodenní výuce. Na všech projektech se děti nenásilnou a hravou formou dozví nové informace, které mohou využít při standardních hodinách, ale také v každodenním životě. Pozitivní ohlasy žáků i vyučujících na tento způsob výuky opět stvrdily platnost Komenského „Škola hrou".