První zmínka o trhové vsi pochází z roku 1262, takže je starší než husitský Tábor. Také se zde narodil zakladatel Tábora, husitský kněz Petr Hromádka.

Na jihovýchodních okraji lze navštívit pozůstatky tvrze, která byla v roce 1638 byla zčásti zbořena a zachovaly se jen zdi, koncem 17. století byla obnovena, mezi nárožní bašty vestavěno jednopatrové křídlo, také sýpka a stáje. V areálu býval byt ředitele velkostatku, kanceláře a archív panství. Do roku 1924 tu byl také místní pivovar. Od padesátých let 20. století byl v areálu provoz místní „továrny“ (kovovýroba) a sklady a dále byty.

Další dominantou je zámek z 19. století, který vybudovali Nádherní z Borotína. Později ho vlastnil Robert Scholle. Od poloviny 20. století byl celý zámek a park dlouhá desetiletí užíván armádou, po roce 1990 byl objekt (a pozemky) vrácen v restituci synovi Petru Schollemu. Zámeček neboli Vlašský dům z 16. století zdobí jistebnické náměstí a sloužíval k přechodnému ubytování Jana i Otmara Nádherných.

Další pamětihodností je Kostel Archanděla Michaela ze 14. století, postavený Rožmberky na místě starší románské stavby. Varhany v kostele postavil roku 1636 Pavel Rosol, po poškození byly opraveny roku 1656. Nové varhany od firmy Škopek z Tábora jsou v kostele od roku 1901. Na věži je zavěšen zvon z roku 1515 vyrobený pražským zvonařem Bartolomějem.

V centru stojí i pomník padlým vojínům a kašna svatého Jana Nepomuckého, tento svatý zdobí i most. Kaple sv. Magdalény, která je vidět i ze hřbitova, se týčí na návrší Vyšehrad. Vedla k ní i Křížová cesta. Nedaleko Jistebnice mezi poli lze obdivovat i židovský hřbitov.

Nad obcí je několik vrchů, Svatá Anna (642 metrů nad mořem), Svatá Magdaléna (636 metrů nad mořem) a Stará Hora (629 metrů nad mořem).

Severně od města leží přírodní park Jistebnická vrchovina, jehož součástí je i Javorová skála, nejvyšší bod Táborska (723 metrů nad mořem), Jistebnicí protéká potok s biblickým názvem Cedron, vtéká do říčky Smutné a s ní pokračuje až do Lužnice u Bechyně.

V okolí Jistebnice jsou také četné rybníky: Chadimák, Obecní, Nový, Velká Kaplice, Černolesní, Brtenský, Chlumský a Nehonínský, Horní a Dolní Chomout, Šlejborec, Třtinovitý, Stržený, Tisovák, Přehořovka a Křivošínský.