Stavět se začala o prázdninách roku 1923 a první žáci nastoupili ve školním roce 1925/26, a bylo jich 185. Druhé patro budovy se začalo stavět v roce 1934. V roce 1950 začala fungovat školní družina a o dva roky později i školní jídelna. V roce 1963 vznikla pionýrský hlídka na ochranu přírody a o čtyři roky později pak školní přírodní rezervace Pod Vyhlídkou jako úplně v první v republice. Současnou podobu má škola od roku 2011, kdy město Prachatice nechalo vyměnit okna a budovu zateplit. V roce příštím začne škola s rekonstrukcí půdy, kde vzniknou nové odborné učebny.