Od ledna 2016 probíhá likvidace společnosti Lázně sv. Markéty. Podle informací Martina Malého, starosty města Prachatice, se ke vstupu do likvidace rozhodli většinoví akcionáři společnosti. „Nikoliv město Prachatice,“ upozornil starosta s tím, že likvidátor se snaží prodat aktiva společnosti, tedy pozemky a projektové dokumentace. Cena je asi padesát milionů korun. „Likvidátor aktiva nabízí jako soubor. Není proto možné odkoupit pouze pozemky, které město do společnosti vložilo,“ řekl Martin Malý. Prodej se nedaří.

Zprávu o stavu společnosti Lázně sv. Markéty si vyžádal zastupitel Jakub Nepustil. „Do budoucna budeme muset areál řešit. Situace připomíná mrtvého brouka, dokud se tím nezačne něco dělat, bude to tak ležet desítky let. Prodat projekt v téhle fázi je nereálné. Pro město je to důležitá lokalita, která by mohla mít rozvoj,“ zkonstatoval Jakub Nepustil.

Podle bývalého starosty a zastupitele Jana Bauera není možné, aby se v lokalitě postavilo něco jiného. „Případné spekulativní nápady jsou omezené územním plánem,“ doplnil Jan Bauer.

Novodobá historie Lázní sv Markéty a Léčebného centra:

Rok 1990: Město Prachatice vyhlásilo záměr na prodej budov v areálu Lázní sv. Markéty

Září 1992: Zastupitelé Prachatic odsouhlasili prodej areálu za 34 miliony korun dvěma lékařům MUDr. Špičkovi a MUDr. Prokopenkovi, kteří chtěli vybudovat léčebné sanatorium. Jejich plán zkrachoval přibližně po 4 letech.

Červen 1993: Došlo k podpisu smlouvy a noví majitelé následně převedli peníze na účty městy Prachatice.

Rok 1997: akcie byly prodány firmě Grypus, která převzala veškeré závazky společnosti Lázně sv. Markéty.

Rok 1997: O areál projevil zájem prachatický podnikatel Stanislav Žák, který chtěl na Lázních sv. Markéty vybudovat Centrum východní medicíny. Nenašel se ale investor.

Duben 1999: Akcie společnosti získali Jiří Nečekal a Ema Rajtmajerová. Chtěli z lázní mít léčebné sanatorium pro pacienty s gynekologickými potížemi.

naplánováno na červenec 2003. Odhadované náklady tehdy byly 200 milionů korun. Město tehdy mělo 50 procentní podíl. Došlo k demolici budov.

Únor 2001: Město Prachatice kupuje areál Lázní sv. Markéty zpět do svého vlastnictví za 6,1 milionu korun. V plánu mělo obnovit ve městě tradici lázeňství.

Červenec až listopad 2001: Vznikla společnost Léčebné centrum sv. Markéty, jejímiž zakladateli jsou město Prachatice a firma PrachStav, zároveň společnost zveřejnila, že zahájení činnosti centra je naplánováno na červenec 2003. Odhadované náklady tehdy byly 200 milionů korun. Město tehdy mělo 50 procentní podíl. Došlo k demolici budov.

Rok 2002: Do společnosti město Prachatice vložilo soubor pozemků v hodnotě 1,1 milionu korun. Existuje projekt, jak by mělo Léčebné centrum Lázně sv. Markéty vypadat.

Rok 2004: Došlo ke snížení procentuálního podílu vlastnictví akcií ve společnosti Lázně sv. Markéty. V roce 2004 mělo město 24,5 %. Společnost stále řeší architektonické přípravy a studie projektu. Celkový rozpočet se zvyšuje z 300 na 900 milionů korun. V červnu do hry vstupuje podnikatel Ladislav Marek a navyšuje základní kapitál společnosti tak, aby jeho podíl byl 50,9 procenta akcií.

Rok 2005: Společnost neúspěšně žádá o dotace z ROP Jihozápad. Dotaci ve výši 35 milionů korun přislíbil Jihočeský kraj.

Roky 2006 až 2008: Další neúspěšné žádosti o dotace z fondů Evropské unie.

Prosinec 2009: Zahájena spolupráce se společností StavArt s.r.o. na pozici manažera Projektu a architektonickou kanceláří m4 architekti s.r.o. na pozici architekta projektu. Byla přehodnocena celková filosofie Projektu z hlediska orientace na cílové skupiny zákazníků a funkční náplně. Bylo rozhodnuto o redukci stavebních objemů při zachování funkčních kapacit. Městu se opět snížilo procento vlastnictví akcií, a to na 15 procent. Ty má až do současnosti.

Duben 2010: Dokončena a odsouhlasena Studie nového řešení Projektu Léčebného centra sv. Markéty.

Červen 2010: Proběhla řádná valná hromada akcionářů společnosti, která schválila změnu obchodního názvu společnosti na Resort sv. Markéty Prachatice a.s.

Červenec 2010: Podána žádost o změnu stavby před jejím dokončením na novou koncepci objektu Hotelu s integrovaným Akvaparkem.

Srpen 2010: Podána žádost o dotaci v rámci 11. výzvy ROP NUTS II. Jihozápad

Říjen 2010: Oznámení o kladném výsledku hodnocení přijatelnosti Projektu pro žádost o dotaci v rámci 11. výzvy ROP NUTS II. Jihozápad.

Prosinec 2010: Bylo na veřejném zasedání zastupitelstva PT hlasováním potvrzena smlouva mezi PT a Resortem sv. Markéty Prachatice a.s. o dotaci ve výši 60 mil Kč a to po uvedení Projektu do provozu.

Březen 2011: Byla podána petice občanů na záchranu dubu pyramidálního a lip.

Duben 2011: Proběhlo veřejné projednání petice občanů za záchranu stromů a následně úprava projektové dokumentace, která řeší zachování dubu pyramidálního.

Podpis smlouvy s budoucím provozovatelem o zajištění technických konzultací v souvislosti s realizací Projektu. V létě 2011 mělo dojít k zahájení celé stavby.

Květen 2011: Došlo k posunutí termínu zahájení stavby i jejího ukončení o jeden rok. Zahájení provozu celého komplexu bylo stanoveno na jaro 2014.

Roky 2011 až 2015: Nepodařilo se sehnat investora a tedy ani začít se stavbou areálu. Valná hromada společnosti se sešla vždy jednou za rok.

Prosinec 2015: Společnost Resort sv. Markéty požádala akcionáře o ukončení projektu a likvidaci společnosti. Valná hromada společnosti Resort sv. Markéty to odsouhlasila.